Ambion™ ERCC RNA-Spike-In-Gemisch

Beschreibung

Variation der RNA-Expressionsdaten können auf verschiedene Faktoren zurückgeführt werden, einschließlich die Qualität des Ausgangsmaterials, das Niveau der Zellstruktur und RNA-Ertrags, die angewendete Plattform und die Person, die das Experiment durchführt. Als Kontrolle über diese Variabilitätsursachen wurde durch das External RNA Controls Consortium (ERCC), einer Ad-Hoc-Gruppe akademischer, privater und öffentlicher Organisationen unter Aufsicht des National Institute of Standards and Technology (NIST), eine gemeinsame Reihe externer RNA-Kontrollen entwickelt. Diese Kontrollen umfassen einen Satz unmarkierter polyadenylierter Transkripte, die einem RNA-Analyse-Experiment nach der Probenisolierung hinzugefügt werden, um Messungen gemäß definierten Leistungskriterien durchzuführen. Bis zur Einführung solcher generell akzeptierten Kontrollen war es schwierig, eine gründliche Untersuchung der fundamentalen analytischen Leistungsmetrik durchzuführen. Aus dem bewährten Markenangebot an RNA-Reagenzien sind nun die Ambion™ ERCC Spike In Control Mixes im Handel verfügbar. Hierbei handelt es sich um gebrauchsfertige Mischungen mit 92 Transkripten, abgeleitet von und rückführbar zu NIST-zertifizierten DNA-Plasmiden. Die Transkripte sind zwischen 250 bis 2,000 nt lang und entsprechen natürlichen eukaryotischen mRNAs.

Wichtigste Produktmerkmale:

Etablierung eines Standardmaßes für Datenvergleiche zwischen Genexpressionsexperimenten

Messung der Empfindlichkeit (untere Nachweisgrenze) und des Dynamikbereichs eines Experiments

Quantifizierung von differentiellen Genexpressionen

Nutzen Sie das volle Potenzial von RNA-Analysen
RNA-Analyse, einschließlich Genexpressions-Profiling und Gesamt-Transkriptom-Überwachung, können zu einem besseren Verständnis der Expressionsmuster bei Erkrankungsstadien beitragen und bieten größere Einblicke in biologische Abläufe und molekulare Mechanismen, die das Zellschicksal, die Entwicklung sowie den Krankheitsfortschritt bestimmen. Die traditionellen Methoden für RNA-Analysen, wie z. B. qRT-PCR und Microarrays, haben sich bewährt, werden nun jedoch durch die nächste Generation der Sequenzierung, eine digitale Alternative mit hohem Durchsatz, ersetzt. Da jede Methode mehrere Plattformen umfasst und der Bedarf nach Vergleichen verschiedener Proben auf Plattformen in der ganzen Welt besteht, ist ein Standardmaß für Datenvergleiche erforderlich geworden. Es gibt immer mehr Möglichkeiten für RNA-Analysen, und deshalb wird eine vereinheitlichte Datenansicht immer wichtiger.

Erzielung und Vergleich von Ergebnissen mit bestätigter Genauigkeit
Ambion™ ERCC RNA Spike-In Controls dienen für Standard-Ausgangsmessungen von RNA sowohl in einem Experiment als auch über mehrere Experimente mit verschiedenen Proben und Plattformen hinweg. Mit zwei Spike-in-Gemischen (Abbildung 1) können verschiedene Messungen, wie z. B. die Empfindlichkeit und der dynamische Bereich, zur Bewertung verschiedener Parameter in einem Experiment oder bei mehreren Experimenten geprüft werden (Abbildung 2). Darüber hinaus können Veränderungsquoten der Exprressionsfaltung zwischen zwei Proben mittelns der hoch-konkordanten Beziehung zwischen ExFold RNA Spike-In 1 und 2 zuverlässig berechnet werden (Abbildung 3). Die Messungen werden anhand bekannter molarer Konzentrationen für jedes Transkript in einem Spike-in-Gemisch und durch Kombination der Verhältnisse von 4 unterschiedlichen Untergruppen der 92 Transkripte bestimmt. Die Kontrollen sind ideal für Sequenzierungsexperimente der nächsten Generation, wie beispielsweise auf dem SOLiD™ System, und für unterstützte Microarray-Plattformen wie Illumina™ Sentrix™ BeadChip.

Wählen Sie zwischen flexiblen Optionen für ERCC-Kit-Konfigurationen
Mit Ambion™ ERCC Spike-In Control Mixes können dynamische Bereiche und Genexpressions-Faltungsänderungen gemessen werden. Sie sind als zwei unterschiedliche Kits je nach Bedarf des Experiments erhältlich. Verwenden Sie ERCC Spike-In Mix, um den dynamischen Bereich und das untere Detektionslimit Ihrer Plattform zu bestimmen, und verwenden Sie ERCC ExFold Spike-In Gemische zur Beurteilung der Genauigkeit differentieller Genexpressionsmessungen.

	ERCC RNA Spike-In Mix 1*	ExFold Spike-In Mix 1*	ExFold Spike-In Mix 2*	Nuklease-freies Wasser
ERCC RNA Spike-In Mix (Bestell-Nr. Nr. 4456740)	10μL	—	—	1.75 ml
ERCC ExFold RNA Spike-In Gemische (Bestell-Nr. Nr. 4456739)	—	10μL	10μL	1.75 ml

* Obwohl ERCC RNA Spike-In Mix 1 und ExFold Spike-In Mix 1 gleich formulierte ERCC-Transkripte enthalten, kann ERCC RNA Spike-In Mix 1 für Analysen von Faltungsänderungen nicht mit ExFold Spike-In Mix 1 ersetzt werden. Verwenden Sie nur ExFold Spike-In Mix 1 und Mix 2 derselben Chargennummer.

Nur für Forschungszwecke. Darf nicht für diagnostische Verfahren eingesetzt werden.